É nesse processo que ocorrem dificuldades das Unidades Hospitalares em alocar de forma mais eficaz possível os custos, sejam estes diretos – aqueles que estão diretamente relacionados aos serviços prestados ao paciente e com condições de mensurabilidade –; e os custos indiretos, que são os que não estão diretamente ligados ao serviço prestado ao paciente.